Η Γενική Διεύθυνση Αρχαιοτήτων και Πολιτιστικής Κληρονομιάς είναι αρμόδια για το συντονισμό και την εποπτεία των Διευθύνσεων, Κεντρικών, Περιφερειακών και Ειδικών Περιφερειακών, οι οποίες υπάγονται σε αυτήν. Στη Γενική Διεύθυνση προΐσταται Γενικός Διευθυντής, ο οποίος είναι υπεύθυνος για την άσκηση των αρμοδιοτήτων της. Επίσης, λειτουργεί Γραφείο Γενικού Διευθυντή, το οποίο είναι αρμόδιο για την γραμματειακή υποστήριξη του Γενικού Διευθυντή.