Η Θ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων Βοιωτίας έχει έδρα τη Θήβα και αρμοδιότητα που εκτείνεται στο νομό Βοιωτίας, ανάγεται σε θέματα σχετικά με την προστασία και τη φύλαξη των αρχαιοτήτων, την επιστημονική έρευνα, την αποκάλυψη, τη συντήρηση, την ανάδειξη των αρχαιοτήτων και την έκθεσή τους στα Μουσεία, τον προγραμματισμό και την εκτέλεση οποιουδήποτε αρχαιολογικού έργου συντήρησης, επίσκεψης, αποκατάστασης, αναστήλωσης, ανάδειξης και διαμόρφωσης των μνημείων και αρχαιολογικών χώρων.

Το επιστημονικό προσωπικό της Εφορείας μετέχει στο έργο της υπηρεσίας του, κυρίως στη διεξαγωγή σωστικών ανασκαφών ή άλλων αρχαιολογικών ερευνών, στη μελέτη και οργάνωση των μόνιμων εκθέσεων (Μουσεία Θήβας, Χαιρώνειας,
Σχηματαρίου) και στη διαμόρφωση ανάπτυξης και λειτουργίας των αρχαιολογικών χώρων.

Το πλήθος των σωστικών ανασκαφών που διεξάγει η Θ΄ Ε.Π.Κ.Α. δεν της επιτρέπει την αυτόνομη ανάληψη συστηματικών ανασκαφών, οι οποίες συχνά γίνονται σε συνεργασία με Ξένες Αρχαιολογικές Σχολές και Ινστιτούτα (Ιταλική Σχολή, Αυστριακή κ.α.).
Παράλληλα με την εκτέλεση των ανωτέρω έργων αρμοδιότητά της είναι η επιστημονική μελέτη και δημοσίευση των αρχαιοτήτων, η διαχείριση των μνημείων, των αρχαιολογικών Χώρων, Μουσείων και Συλλογών στο χώρο ευθύνης της, η προετοιμασία και η εισήγηση όλων των αρχαιολογικών θεμάτων στο αρμόδιο Τοπικό Συμβούλιο Μνημείων και η εν γένει διοικητική μέριμνα εφαρμογής της ισχύουσας νομοθεσίας περί προστασίας των αρχαιοτήτων (Νόμος υπ.αρ. 3028/ΦΕΚ 153/28-6-02).
Ο προγραμματισμός των έργων της αρμοδιότητας της εφορείας είναι σε συνεργασία με την Κεντρική Υπηρεσία και περιλαμβάνονται στα ετήσια Προγράμματα Δράσης της Γενικής Διεύθυνσης Αρχαιοτήτων, όπως εγκρίνονται από τον Υπουργό μετά από γνώμη του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου.
Στην Εφορεία συγκροτείται και λειτουργεί επιστημονική ολομέλεια στην οποία μετέχουν οι αρχαιολόγοι, μηχανικός, συντηρητής, που υπηρετούν σε αυτήν υπό την εποπτεία του Διευθυντή της Υ/Μ.

Η εφορεία αναλαμβάνει τον προγραμματισμό και τη διενέργεια σωστικών ανασκαφών και οιασδήποτε μορφής αρχαιολογικής έρευνας, τον προγραμματισμό και την εκτέλεση εργασιών για την προστασία, συντήρηση, ευπρεπισμό και διαμόρφωση των αρχαιολογικών χώρων και μνημείων, την προστασία του φυσικού τοπίου που τα περιβάλλει, την εξέταση αιτημάτων εκτέλεσης έργων που επηρεάζουν άμεσα ή έμμεσα τους αρχαιολογικούς χώρους και τα μνημεία, την αρχαιολογική μελέτη και αξιολόγηση των τεχνικών έργων επί μνημείων ή πλησίον μνημείων και των έργων συντήρησης επί μνημείων, αρχαίων αντικειμένων και έργων τέχνης και την επιστημονική μελέτη παντός σχετικού με τα άνωθεν, την εποπτεία των ερευνών των επιστημονικών ιδρυμάτων και των Ξένων σχολών και αποστολών.
Στην αρμοδιότητά της επίσης υπάγονται θέματα σχετικά με την εκπόνηση και την εφαρμογή μουσειογραφικών μελετών, την έκθεση των αρχαιολογικών αντικειμένων στα Μουσεία Θήβας, Σχηματαρίου, Χαιρώνειας (Η Εφορεία τα τελευταία χρόνια έχει ξεκινήσει την οργάνωση εκ νέου των τριών Μουσείων, είτε με τη βελτίωση των παλαιών κτιριακών μονάδων, είτε με τη συμπλήρωση και κατασκευή νέων.)
Οι τρεις επανεκθέσεις έχουν σκοπό την ανάδειξη εκτός των παλαιότερων συλλογών, αλλά και των νεώτερων ευρημάτων που ήρθαν στο φως από σύγχρονες ανασκαφές, καθώς και τη διαχείριση και εν γένει τάξη και ευπρέπεια των χώρων αυτών. Παράλληλα χορηγεί άδειες μελέτης αρχαίων αντικειμένων εντός των Μουσείων, ενώ στις αρμοδιότητές της ανήκει και η δίωξη της αρχαιοκαπηλίας και της παράνομης διακίνησης αρχαίων.
Σε συνεργασία με την Κεντρική Υπηρεσία οργανώνει και παρουσιάζει αρχαιολογικές εκθέσεις (μόνιμες ή περιοδικές, στο εσωτερικό ή στο εξωτερικό), εκπαιδευτικών προγραμμάτων (Σεμέλη, Μελίνα). Αρμοδιότητα της περιφερειακής μονάδας είναι και η παρακολούθηση των αρμόδιων υπηρεσιών φύλαξης Αρχαιολογικών Χώρων και Μουσείων, η εφαρμογή των σχετικών εγκυκλίων και οδηγιών, καθώς και η χορήγηση αδειών ελευθέρας εισόδου στους χώρους.