Η Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων είναι Ειδική Περιφερειακή Υπηρεσία του ΥΠ.ΠΟ που έχει ως αποστολή την προστασία των ενάλιων αρχαιοτήτων. Η αρμοδιότητα της Υπηρεσίας εκτείνεται σε ολόκληρη την ελληνική επικράτεια.

Αναλυτικά, η Εφορεία ασκεί τις εξής δραστηριότητες: Εντοπισμό, έρευνα εναλίων αρχαίων και μέριμνα για την διασφάλιση αυτών, συντήρηση εναλίων αρχαίων, οργάνωση μουσείων εναλίων αρχαίων, εποπτεία έργου ινστιτούτων εναλίων δραστηριοτήτων, ωκεανογραφικών ιδρυμάτων και αποστολών, έλεγχο των θαλασσίων και υποβρυχίων δραστηριοτήτων που μπορούν να προκαλέσουν άμεση ή έμμεση βλάβη σε αρχαία, προώθηση της διαδικασίας αποδέσμευσης θαλασσίων περιοχών για υποβρύχια δραστηριότητα με αναπνευστκές συσκευές για εκπαιδευτικούς και ψυχαγωγικούς σκοπούς.

Ειδικότερα, αντικείμενα αρμοδιότητας της Εφορείας είναι:
- Δημόσια και ιδιωτικά έργα στη θάλασσα (λιμενικά έργα κλπ.)
- Έργα επί του αιγιαλού και της παραλίας
- Χορηγήσεις αδειών για υ/β έρευνες, ιχθυοκαλλιέργειες, υδατοκαλλιέργειες, οστρακαλιείες κλπ.
- Άδεια υποβρύχιας φωτογράφισης, κινηματογράφησης και βιντεοσκόπησης
- Χορήγηση αδειών άσκησης υποβρύχιας δραστηριότητας για ψυχαγωγικούς σκοπούς
- Ποντίσεις καλωδίων κλπ.